Esvaziar grupos de usuários em aplicativos do Terminal Wrapper

Question

Desde a última quinta-feira, sempre que uso qualquer terminal (Konsole, Terminal Gnome, XFCE Termina, xterm), o groups está vazio.

$ groups
tom

Quando eu executo o mesmo comando em um terminal tty fora do Xorg, eu obtenho os grupos corretos:

$ groups
tom adm cdrom sudo plugdev docker libvirt

Isso é especialmente irritante, pois agora preciso alternar para tty sempre que quiser usar o docker. Isso acontece quando eu uso o KDE, i3 ou XFCE, isso não parece acontecer quando eu mudo para o Gnome Shell (mas isso tem outros problemas, então eu não quero usá-lo) no Ubuntu 18.04 LTS.

Alguma configuração mudou ou como posso recuperar meus grupos de usuários?

Adendo:

Saída de comandos que me pediram para executar por meio de comentários. OBSERVAÇÃO: Eu reiniciei este sistema várias vezes, caso isso seja importante, e meu sistema operacional é o Ubuntu 18.04 LTS.

xterm

$ id -a
uid=1000(tom) gid=1000(tom) groups=1000(tom)

tty

$ id -a
uid=1000(tom) gid=1000(tom) groups=1000(tom),4(adm),24(cdrom),27(sudo),46(plugdev),134(docker),140(libvirt)

xterm & tty - idêntico

$ getent group | grep tom
adm:x:4:syslog,tom,mtail
cdrom:x:24:tom
sudo:x:27:tom
plugdev:x:46:tom
tom:x:1000:
docker:x:134:tom
libvirt:x:140:tom

xterm & tty - idêntico

$ type -f groups
groups is /usr/bin/groups