Depois de analisar isso um pouco mais, parece que não há como desligar completamente a placa usando qualquer coisa da camada de kernel. Isso é por causa de como o pci funciona na placa-mãe. Na maioria das placas, quando elas estão ligadas, o slot recebe energia do jeito que você gosta ou não, a menos que você altere algumas configurações do BIOS.
Ter a capacidade de desativar os cartões individualmente a partir do software exigiria alguma peça extra de hardware ou algo assim.