Para detectar corretamente o recuo em um formato de texto estruturado, o comando file teria que implementar um analisador adequado para esse formato. A ocorrência da seqüência de caracteres \n␣ (nova linha seguida por um espaço) não é suficiente para dizer que o arquivo é recuado por espaços, já que a sequência de caracteres pode ocorrer dentro de um atributo XML.
Não acho que guias literais possam ocorrer sem codificação em atributos XML, mas não tenho certeza sobre CDATA sections.