Da página man:
-y
--symlinks
Para UNIX e VMS (V8.3 e posterior), armazene links simbólicos como tal no archive zip, em vez de compactar e armazenar o arquivo referido pelo link. Isso pode evitar que várias cópias de arquivos sejam incluídas no arquivo, pois o zip recursiva nas árvores de diretórios e acessa arquivos diretamente e por links.