Excelentes respostas, mas descobri que poderia fazer com que cada tipo de yum atualizasse sua própria entrada no crontab assim:
$ sudo crontab -e
#Full system update midnight every Monday and Tuesday
0 0 * * 1,2 /usr/bin/yum -y update
10 0 * * 1,2 /usr/bin/yum -y upgrade
#Security updates everyday at 2AM
0 2 * * * /usr/bin/yum -y update --security
Leva mais linhas, mas parece funcionar bem. É necessário notar que cada entrada deve ter uma linha em branco abaixo dela, especialmente a última entrada.