Se você quiser a média de todos os números em todas as colunas, isso é simples
awk ' { for (i=1;i<=NF ;i++){ sum+=$i;num++} }
END{ print(sum/num) } ' infile
Se você quiser a média por coluna, apenas acompanhe o número máximo de colunas:
awk ' {for (i=1;i<=NF ;i++){ if(maxF<NF){maxF=NF};sum[i]+=$i;num[i]++} }
END{for (i=1;i<=maxF;i++){ print(i,sum[i]/num[i]) } } ' infile