Could it be the flag I changed or is it the shrinking and growing which is causing this problem?
Seu problema foi causado pelo encolhimento e crescimento. Tais operações são SEMPRE perigosas e, portanto, se os dados forem importantes, nunca devem ser feitos sem a necessidade de backups.
Are there any known solutions to restoring the partition so that it can be mounted again?
A melhor solução é não incomodar a restauração e, em vez disso, formatar a partição novamente e restaurar seus arquivos a partir do backup.
Se isso não for possível, sua segunda melhor opção será tentar corrigir a partição no Windows.
Sua terceira opção é excluir a partição FAT e redimensionar a partição NTFS de volta para a maneira como estava. Talvez uma segunda dose de ntfsfix
conserte depois disso, mas, a essa altura, não espere milagres.
ntfsfix is a utility that fixes some common NTFS problems. ntfsfix is NOT a Linux version of chkdsk. It only repairs some fundamental NTFS inconsistencies, resets the NTFS journal file and schedules an NTFS consistency check for the first boot into Windows.
You may run ntfsfix on an NTFS volume if you think it was damaged by Windows or some other way and it cannot be mounted. - https://linux.die.net/man/8/ntfsfix