Encontrei uma solução decente mas, infelizmente, ela requer uma ferramenta não padrão para procurar o deslocamento do arquivo. Espero que alguém possa encontrar uma resposta melhor que use apenas ferramentas padrão.
Instale a ferramenta SearchBin .
head -c 1M </dev/urandom >fileA
head -c 1M </dev/urandom >fileB
OFFSET=$(searchbin -f fileA -m 1 partition.img | head -1 | awk '{print $4}')
dd if=fileB of=paritition.img bs=1 seek=${OFFSET} conv=notrunc