Se você modificar o comando usado para criar os backups, poderá resolver sua pergunta de restauração com um único comando.
Use isso para backups:
rsync -aPhvR --del user@host:/home/./john/files :/home/./steve/data local_backup_dir
E isso para restaurar:
rsync -aPhvuR local_backup_dir/ user@host:/home/
O que você faria aqui seria criar john/files
e steve/data
em local_backup_dir
, em vez de apenas files
e data
. Dessa forma, é possível aplicá-las de volta ao /home
do sistema remoto em uma operação.