Para evitar mal-entendidos, você nunca deve tentar remover um kernel enquanto estiver sendo executado.
Você sempre pode verificar qual kernel está sendo executado usando o seguinte comando no terminal:
mhwd-kernel -li
A saída pode ter a seguinte aparência:
4.14.74-1-MANJARO (linux414)
The following kernels are installed in your system:
* linux414
* linux416
No exemplo acima, o sistema está executando a versão do kernel 4.14.74-1; 4.16 está disponível, mas não está sendo usado. Para se livrar do 4.16, o comando deve ser
sudo mhwd-kernel -r linux416
Veja Remoção de Kernels no Wiki de Manjaro.
Estou usando o kernel 4.14.74-1 em meu próprio sistema, e mesmo que o Manjaro Settings Manager me diga que novas versões de kernel estão disponíveis (por exemplo, 4.16.18_rt12-1, 4.17.19-1 e 4.18.12- 1), estes não são instalados a menos que eu pressione o botão Instalar.
Eu nunca mudei /etc/pacman.conf
para conseguir isso, já que a parte citada na resposta do GAD3R lê (no meu sistema):
# Pacman won't upgrade packages listed in IgnorePkg and members of IgnoreGroup
#IgnorePkg =
#IgnoreGroup =