Não tenho certeza se entendi o diagrama corretamente: Tudo o que você deseja fazer é definir uma rota no servidor A para que os pacotes provenientes de qualquer um dos dois contêineres sejam roteados para o servidor B, correto?
De qualquer forma, em geral, não use iptables
para rotear. (Isso é uma implicância minha, por algum motivo, as pessoas tentam usar iptables
para rotear o tempo todo.) Existem alternativas, por exemplo. roteamento de políticas.
Então, no seu caso, algo como
ip route add table 250 172.16.0.1/16 dev vpn scope link
ip route add table 250 default via 172.16.0.2
ip rule add from 172.16.0.3 table 250
ip rule add from 172.16.0.4 table 250
(não testado) deve fazer o truque. Há muitos tutoriais on-line sobre roteamento de políticas.