O Ubuntu (Linux) tem um sistema sólido que permite e requer privilégios de root para modificar o sistema.
No entanto; se uma aplicação instalada, por exemplo. VLC, audacioso, algum visualizador de imagens instalado a partir do centro de software tem uma vulnerabilidade, e esses aplicativos reproduzem um arquivo com um código malicioso embutido ou talvez um executável explora vulnerabilidades no aplicativo que já estava sendo executado com privilégios de administrador (VLC, audacioso etc. ..).
Isso poderia comprometer o sistema?
Sim, isso é totalmente plausível. A maneira simples de evitar isso é aderir ao princípio do menor privilégio e executar somente programas com permissões elevadas somente quando for necessário. Por exemplo, você precisaria fazer isso para gerenciar contas de usuários e grupos, mas isso nunca deve ser feito para executar aplicativos de mídia, como o VLC.