Você não pode, a menos que saiba de antemão o SID que seu usuário terá na nova instalação do Windows (o que não é previsível como os UIDs estão nos sistemas UNIX).
Supondo que você tenha alguma maneira de saber qual SID você terá, é possível replicar funcionalmente a propriedade e as ACEs básicas usando comandos regulares do UNIX e a funcionalidade de mapeamento de nome de usuário do NTFS-3G. Consulte a seção "Mapeamento de usuários" da página de manual do NTFS-3G para obter informações sobre como configurá-lo. Uma vez configurado, você pode usar comandos regulares do UNIX para manipular a propriedade e as permissões básicas dos arquivos (IIRC, permissão de leitura POSIX traduz para as permissões 'Ler' e 'Ler & Executar' do Windows, e POSIX escreve para 'Modificar', mas não me lembro de nada além disso.
Até onde sei, não há como o Linux copiar todas as ACEs do Windows.
Uma leve nota lateral, você provavelmente também copiará os fluxos de dados alternativos NTFS. Você pode fazer isso facilmente com ferramentas UNIX que suportam Linux xattrs (desde que você não forneça uma opção streams-interface
para NTFS-3G, será padronizado para expô-las como xattrs).