Pacotes não fornecem informações sobre o kernel por trás dele. Alguns pacotes só podem depender de uma versão específica do kernel. Essas dependências são escritas no pacote meta. Algumas distros fornecem sufixos com a versão da distribuição para seus pacotes (como o Fedora).
Espero que você saiba sobre atualizações noturnas e todos os riscos sobre isso. Presumo que após as atualizações noturnas Packages.gz
possam ser inconsistentes com os pacotes recuperados, então você precisa atualizá-lo manualmente como segue (fragmento da documentação oficial):
Every time you put new files in the directory, you'll have to scan the directory and update aptitude:
$ ( cd /var/lib/mydebs && dpkg-scanpackages . | gzip > Packages.gz )
$ aptitude update
Informações mais específicas estão localizadas em Configuração do repositório Debian .