A solução é fornecida pela sugestão do ikkachu. Especificamente, digite
grep -re cron /var/log/
ou algo similar.
Isso fornecerá uma lista com horários e outras informações.
Os tempos listados mostraram que o servidor estava realmente saindo do horário UTC. Então, o ajuste para o horário UTC resolveu o problema.
Encontrar a hora exata em que o servidor está usando, independentemente de sua localização real, é a solução para esse tipo de problema.