Você parece estar assumindo que há a) arquivos de log eb) que esses arquivos de log são persistentes, ou no mínimo, rotacionados, em vez de serem apagados na reinicialização ou no tempo de login.
Identificar qual arquivo de log procurar é difícil, porque você precisa saber qual processo ou componente realmente está causando o problema. Por exemplo, pode ser simplesmente um erro no lado do cliente e não um processo no nível do sistema. O problema pode estar em gnome-session , gnome-settings-daemon ou indicator-session no lado do cliente, nenhum dos quais eu acredito ter arquivos de log ou necessariamente usar log extensivo em seu código. Eles parecem apenas descarregar quaisquer avisos ou mensagens de log que ocorram, para STDERR ou STDOUT, portanto, é necessário consultar ~/.xsession-errors para ver o que eles geram. No entanto, esse arquivo é substituído toda vez que você faz o login, e eu não sei se ele é girado ou não. Você pode ativar o log mais detalhado, garantindo que G_MESSAGES_DEBUG=all esteja definido no ambiente, exportando em ~/.profile ou em um arquivo adicionado no diretório /etc/profile.d/ . Pode ou não lhe dar mais informações onde você quiser.
A melhor coisa que você pode fazer nessas situações é primeiro arquivar um bug no componente de nível mais alto (no qual você está fazendo os cliques, neste caso, o pacote indicator-session ), e ver se os mantenedores / desenvolvedores pode executar as mesmas ações para obter os mesmos resultados e trabalhar para baixo até os níveis mais baixos a partir daí, com a ajuda deles.