Assumindo Linux (não FreeBSD ...).
Isso deve desabilitar os recursos especiais em Alt + Left ou Alt + Right, deixando apenas as teclas Alt + Fn trabalhando para alterar o console. Ele deve ser executado em um console e requer raiz para carregar um novo mapa de teclado:
dumpkeys > backup-keymap
dumpkeys | sed 's/Decr_Console/Left/g;s/Incr_Console/Right/g' | loadkeys
Para reverter, use loadkeys < backup-keymap
ou reinicie a ferramenta de configuração do teclado do sistema.
Eu não sei como integrar isso corretamente na inicialização em um mapa de teclado. Pode depender de distribuição (e se estiver usando systemd ...)
O arquivo /etc/console-setup/remap.inc
no Debian pode dar mais pistas sobre como substituir corretamente o teclado em vez dos comandos de baixo nível, no Debian.