Seu sistema de arquivos provavelmente tem alguns erros. Se for NTFS, você pode executar chkdsk no Windows para consertá-lo, caso contrário, você deve tentar executar fsck nele.
fsck não pode ser executado em um sistema de arquivos ativo; portanto, se o arquivo estiver nele, você precisará inicializar em um sistema ativo para corrigi-lo ou forçar o sistema a fazer isso durante a inicialização com sudo touch /forcefsck