Não fará diferença uma vez que a instalação esteja completa, ambas bootstrapping de um sistema existente e instalando a partir de uma mídia inicializável, você obterá o mesmo resultado final. Simplesmente não há muito sentido em bootstrapping se você tiver a opção de usar uma mídia de instalação.
O Arch é não projetado para ser "fácil de usar" ou fácil. Destina-se a usuários tecnicamente experientes que querem ter um sistema que é ajustado exatamente como eles querem. Se você não tem muita experiência usando o Linux, você realmente deve fazer a instalação mais simples possível e que está usando uma mídia de instalação.
A primeira vez que instalei o Arch, cerca de dois ou três anos atrás, eu já usava o Linux há mais de 15 anos. Eu estava bastante confortável com a linha de comando e relativamente bem informado sobre o Linux. Eu tinha instalado várias distribuições em pelo menos uma dúzia ou mais de máquinas diferentes. Apesar de tudo isso, eu ainda tinha que tentar duas ou três vezes antes de acertar.
A documentação do Arch é provavelmente a melhor do mundo Linux. Se você seguir as instruções para a letra , você estará bem (eu tive que refazer porque eu pensei que algumas coisas não eram tão importantes, não cometa esse erro).
Se você seguir o guia, tudo deve funcionar, mas, como não é o processo mais simples para começar, não torne sua vida mais complicada optando pelo bootstrap. Apenas acrescenta alguns passos extras que não lhe dão muito benefício e são mais alguns lugares onde você pode conseguir algo errado.