Depois de alterar para o diretório remoto StarFishPrime/projects/infrasound/Data , o segundo cd tentará alterar o diretório para StarFishPrime/projects/infrasound/Data/StarFishPrime/projects/infrasound/Plots (relativo ao diretório inicial no início da sessão ftp ).
Isso provavelmente falhará e o diretório permanecerá inalterado.
Você pode querer
cd ../Plots
ou use um caminho absoluto.