Atualização:
Eu publiquei uma ferramenta para mesclar os arquivos multi-bin em um único par .bin / .cue.
Você pode encontrá-lo Aqui
Resposta original:
Para quem também procura uma solução. Eu me deparei com um script python que parece funcionar. Até agora eu testei com alguns arquivos e parece estar funcionando.
Você pode encontrar o script aqui .