Tenho esse problema com dois PyCharms simultâneos em execução. Então, fechá-los não é uma solução razoável para mim. Usando o conselho de raus81 editado skype traço link:
sudo gedit /usr/share/applications/skype.desktop
mudar
Exec=skype %U
para
Exec=env "QT_X11_NO_MITSHM=1" skype %U