Abra o script /opt/Aptana_Studio_3/AptanaStudio3.sh
.
sudo gedit /opt/Aptana_Studio_3/AptanaStudio3.sh
Deve haver a linha (aparentemente, a 3ª) que realmente lança o Aptana Studio. Altere para /opt/Aptana_Studio_3/AptanaStudio3
. A razão é que deve haver caminho absoluto , não relativo .