Encontrou a solução.
- Eu coloquei "myApplication" em / usr / sbin /
- Criei um link simbólico chamado myApp para o script localizado em /etc/init.d/S99myAppScript (note que não há .sh e eu tive que rodar o sudo chmod 755 neste script)
- Adicionada a seguinte linha no final do arquivo "rcS" localizado em /etc/init.d/ logo antes do comando "done":
myApp &
Após a reinicialização do sistema, a execução automática do myApplication.