Acabei de descobrir que o problema não é relacionado à janela, mas relacionado ao widget (?), o cursor enorme não ocorre quando ele está sobre janelas de bate-papo do pidgin (como eu escrevi), mas apenas quando está sobre um dos os campos de texto (que ocupam a maior parte dessas janelas, o que provavelmente explica por que não percebi isso antes), ou aquele em que eu posso usar para digitar mensagens ou aquele em que as mensagens aparecem.
O cursor do mouse é na verdade também "pequeno" (tamanho normal) quando sobre a barra de título das janelas. Além disso, posso adicionar o Chromium e Spotify (mas acho que li em algum lugar que as novas versões do Spotify são principalmente um cromo camuflado) também está na lista de programas que causam o cursor enorme.
Isso tudo me fez pensar que talvez isso seja devido a uma questão de (um pobre) tema de cursor de mouse e um fallback (que parece melhor) quando o mouse está sobre algum tipo de janela que não coopera com o partes do gnome que ainda infectam meus sistemas para produzir o enorme cursor do mouse, o que também explica por que o bvx89 relatou em um comentário que ele viu isso em um novo monitor. Isso me fez pesquisar na net por "DPI do cursor do mouse linux", o que me fez encontrar Cursor é enorme no Ubuntu devido ao monitor de alta resolução , que na verdade parece ser o mesmo problema, invertido (ele relata um cursor enorme sobre" coisas dependentes do sistema "e não sobre o firefox ). Mas a sua solução (ou seja, selecionar um cursor / ícone-tema com apenas um tamanho - que é não-padrão, mas você pode baixar link que ele se refere a) trabalhou para mim, agora meu cursor do mouse tem o mesmo tamanho (sane) em todos os lugares.