Você pode tentar usar eselect profile list
e, em seguida, selecionar o perfil certo com o comando eselect profile set ...
. O manual do gentoo sugere usar o mesmo perfil que o tarbal / livecd que você usou para instalar o gentoo no seu disco rígido. Então você deve poder usar emerge --sync
e emerge -DuNa world
para atualizar seu sistema.