Aparentemente, existem algumas permissões e diretórios mistos no /var/lib/apt/lists/
removendo-os e a recriação deve corrigir o problema:
sudo rm -rf /var/lib/apt/lists/
sudo mkdir -p /var/lib/apt/lists/partial
sudo apt-get update
O primeiro comando deve eliminar o diretório, segundo recriar o diretório parcial, terceiro preencher os arquivos de listas.