Você apenas formata os sistemas de arquivos correspondentes. Se o seu sistema de arquivos raiz não-Chrome OS Linux for EXT4, você simplesmente usará mkfs.ext4 e pronto, mas geralmente os instaladores cuidam dessa tarefa para você. Isso nos leva à pergunta mais importante: qual Linux você instalou e como? Se você usou o link , basta executá-lo novamente com os parâmetros necessários e ele cuidará do resto.