Eventualmente, encontrei uma solução de trabalho:
Primeiro, você precisa mudar do X-server integrado do x2go para um externo na guia "configuration > X.org-Server configuration". No meu caso, isso seria Xming, já que estou em um cliente Windows. Para um sistema Linux, isso deve funcionar com qualquer versão X (não testada).
Você precisa adicionar as opções de linha de comando -scrollbars -screen 0 <width of both monitor screens combined> <height of screens>
.
Se você reiniciar o x2go, ele deverá carregar uma janela do X-server do tamanho que você especificou e com barras de rolagem permitindo que você "alterne" entre os monitores. Não é o ideal, mas acredito que seja tão bom quanto possível. Se você agora se conectar ao seu controle remoto duplo, ambos os monitores devem ser capazes de se encaixar nesta janela sem distorções.