Dentro desse arquivo, /etc/nginx/sites-available/<projectname> você tem um bloco "servidor" e dentro desse bloco você tem uma instrução "root":
server {
....
root <pathname>;
....
}
Esse nome de caminho é o "caminho para o diretório do servidor"; certbot colocará algo lá para ser atendido pelo seu servidor nginx como evidência de que ele realmente atende ao domínio a ser certificado.