Se você está tendo problemas para encontrar algo, talvez seja porque ele está em um diretório oculto. Se você apagou alguma coisa, então ela foi para o seu 'Lixo' no Ubuntu, a menos que você tenha especificado o contrário. Se você ainda não tentou, eu verificaria se você tem a opção 'Mostrar arquivos ocultos' ativada ao pesquisar em diretórios e verificar o diretório 'Lixeira' com ele habilitado.
Às vezes, consigo ter sorte e recuperar algo assim, mas geralmente é depois que algo foi excluído e se você não tiver um ciclo de eliminação automática.
Você pode ler mais em Arquivos ocultos com o link abaixo, se você não estiver familiarizado com ele.