O programa está sendo executado de forma diferente

Question

Estou executando o Sublime Text 3 por terminal no GNOME da seguinte forma:

# subl

e eu executo o programa pela aba esquerda do GNOME também. < - lá. O mesmo programa.
Mas estou recebendo configurações diferentes. Em um programa eu tenho um plugin instalado, mas em outro programa (sublime) eu não tenho esse plugin, e a interface é diferente. Abaixo estão meus processos:

user@debian:~$ ps aux | grep subl
user     29388  2.3  1.8 821400 56020 tty2     Sl+  00:28   0:01 /opt/sublime_text/sublime_text
user     29400  0.6  0.6 118792 19100 tty2     Sl+  00:28   0:00 /opt/sublime_text/plugin_host 29388
root     29411  2.5  2.0 938104 61548 ?        Ssl  00:28   0:01 /opt/sublime_text/sublime_text
root     29422  1.1  0.8 201492 26336 ?        Sl   00:28   0:00 /opt/sublime_text/plugin_host 29411
user     29452  0.0  0.0  12784   936 pts/0    S+   00:29   0:00 grep subl
user@debian:~$ 

How I get the same interface(program) using different ways to access it ?