Existem programas para gerenciar isso, como o cpulimit & ou claro que também pode ser feito com cgroups.
A vantagem dos grupos de controle sobre o cpulimit é que os limites são aplicados a um conjunto de processos. exemplo:
sudo cgcreate -g cpu:/cpulimited
cgset -r cpu.shares=512 cpulimited
use então uma linha de comando controlada sobre o programa que você usa
sudo cgexec -g cpu:cpulimited /path/programthateatressourcesusually
se o stille pausar assim & você tem uma CPU multi-código que você pode tentar forçar o processo a rodar no núcleo especificado com taskset
que vem com o linux-utils, eu acho.
Se você ainda tiver problemas com esse programa, entre em contato com a equipe de desenvolvimento.