Veja se seus arquivos estão começando com & lt; ? .
Se sim, e você quer mantê-los assim, você precisará editar /etc/php5/fpm/php.ini e definir short_open_tag de Off para Em e reinicie o php-fpm.
sudo nano /etc/php5/fpm/php.ini
Pesquise por short_open_tag e defina como Ativado.
Reinicie o php-fpm
sudo service php5-fpm restart