Obrigado pelos comentários que já tentaram me ajudar. Então, por acaso, tornei o modo umask 027 permanente alterando o arquivo ~/bashrc . De fato, eu não tinha nenhum umask no arquivo, então adicionei estas linhas no final do texto:
#umask mode
umask 027
E após o sistema sair e logar parece sobrescrever esta regra para todo o sistema, agora os arquivos recém-criados têm permissão 640