Geralmente os discos usb não terão problemas com várias partições (ao contrário dos pen drives) e a maioria dos bioses suportam a inicialização via USB. Além disso, você está sugerindo uma instalação do Linux, então vou me concentrar em uma configuração do BIOS em vez de UEFI para compatibilidade máxima.
Você pode instalar o fedora na partição ext4 que já está no disco (de acordo com as informações que você forneceu). A partição de armazenamento deve ser fat32 para compatibilidade máxima se você puder lidar com suas limitações, caso contrário use ntfs para que os sistemas Windows possam reconhecê-la facilmente. Lembre-se de que existe, pelo menos, um risco mínimo, a qualquer momento, de corrupção de dados nas partições de armazenamento e de sistema. Mesmo se você fizer tudo certo, algo pode dar errado.
Você não precisa de uma partição swap, mesmo que seja recomendado, então uma instalação comum do fedora configuraria a partição ext4 como inicializável e instalaria bem. Cuidado com o fato de o grub poder detectar outros SOs na máquina que você está usando, que aparecerão em todos os outros PCs nos quais você conectou a unidade, mas obviamente não funcionarão. Também não confie em nomes de dispositivos / dev / sdX, pois eles podem ser alterados para cada computador diferente do qual você inicializar a unidade. Use UUIDs no arquivo fstab se você quiser adicionar a partição de armazenamento a ele.
Apenas instalando o fedora você pode montar a partição de armazenamento como se fosse um disco usb separado (cuidado ao ejetar), mas, como mencionado anteriormente, a montagem pode ser automatizada no fstab.
Desde que você não reparticione o disco, o risco de perder seus dados é negligenciável, mas faça um backup completo de qualquer maneira antes de fazer qualquer alteração ou instalação. Também tenha em mente que você não poderá inicializar em QUALQUER computador. Ele falhará às vezes mesmo se a inicialização via USB for suportada.