Isso não deveria acontecer. ssh deve desativar a geração de sinal no terminal.
Você pode tentar interceptar SIGINT no shell que chama ssh
trap '' SIGINT
mas os processos do outro lado também não receberão o sinal.
Você também pode tentar enviar um literal ^C para ssh pressionando
^V^C
O ^V geralmente é o caractere de "cotação" do terminal. Ou seja em vez de interpretar ^C para gerar um sinal, ele é transmitido literalmente.