Uma fonte potencial de problema é que você está usando o sistema para iniciar o serviço, mas em vez de usar um arquivo de unidade do systemd, você está usando um script antigo do SysVinit.
Isso pode indicar que você está usando uma versão antiga do MongoDB ou que sua versão mais recente do MongoDB está mal configurada.
Confirme qual versão do MongoDB você está usando e verifique se /lib/systemd/system/mongod.service
está instalado em seu sistema.
Mudar para o uso de um arquivo de unidade do systemd para gerenciar o serviço pode não resolver o problema, mas isso definitivamente simplificará sua configuração e talvez facilite a resolução de problemas restante.