Respondendo minha própria pergunta aqui, como eu poderia ter encontrado o culpado.
Minha instalação do Debian 9 possui a versão 232. do systemd. Embora o changelog systemd tenha sido o que eu encontrei para a versão 230, datada de maio de 2016:
systemd-logind will now by default terminate user processes that are part of the user session scope unit (session-XX.scope) when the user logs out. This behavior is controlled by the KillUserProcesses= setting in logind.conf, and the previous default of "no" is now changed to "yes". This means that user sessions will be properly cleaned up after, but additional steps are necessary to allowintentionally long-running processes to survive logout (...)
A correção mais fácil parece ser aplicar nohup
como @DopeGhoti sugerido no comentário.