Você não tem um problema de dependência. Você tem um problema de configuração de pacotes.
A parte relevante da transcrição é:
/etc/kernel/postinst.d/zz-update-grub: /usr/sbin/grub-mkconfig: 1: /etc/default/grub: ]#: not found run-parts: /etc/kernel/postinst.d/zz-update-grub exited with return code 127
Tudo depois disso é uma conseqüência deste problema: um script de pós-instalação do kernel falhou, então o pacote linux-image-4.9.0-3-amd64
não está instalado corretamente (não está configurado, na terminologia do Debian), e assim os pacotes que dependem dele não são devidamente instalado.
Evidentemente, há um erro de digitação em /etc/default/grub
(stray ]
no início de uma linha, parece). Corrija isso e conclua as instalações em andamento com
apt-get -f install