Eu tive uma máquina que começou a fazer isso. O Linux Mint tem um tempo limite em muitos processos de 90 segundos, e vai durar tanto tempo antes de apenas matá-los. É difícil dizer pelo que você postou, então não posso dizer qual está causando o atraso. Eu posso dizer que no meu caso foi o navegador CUPS pendurado por algum motivo. Desde que eu não precisei, eu desativei, e desligar foi de minutos para segundos.
Você pode pressionar escape quando o logotipo aparecer durante o desligamento para obter um pouco de texto de registro. Ele mostrará quais processos estão pendentes. Observe que nem todos eles podem estar suspensos (especialmente o armazenamento criptografado), na medida em que aguardam que o (s) processo (s) interrompido (s) atinja o tempo limite antes de ser encerrado.