Em primeiro lugar, a sua pergunta é muito interessante, por si só, as ferramentas df e du funcionam de maneira diferente no Linux
de acordo com a página man do Linux
du - estimate file space usage
df - report file system disk space usage
df funciona no nível do sistema de arquivos, enquanto o du trabalha no nível do arquivo, portanto, se houver descritores de arquivo abertos, ele será relatado por du mas não pelo df