Eu acho que isso pode ser menos uma questão sobre o próprio sistema operacional e mais uma pergunta sobre o sistema de arquivos. Por exemplo, o NTFS oferece suporte a usuários e permissões enquanto o FAT32 não (e é por isso que seus arquivos nunca são realmente seguros em uma unidade flash de estoque).
Mesmo discutindo sistemas de arquivos, essa é uma solicitação muito peculiar, pois a maioria dos sistemas normalmente se esforçaria para fornecer o máximo de funcionalidade possível, em vez de removê-los.
Embora não tenha encontrado um sistema sem metadados, você pode usar esta lista para escolher um sistema de arquivos que suporta uma quantidade mínima de metadados.