Por que você copia todos os arquivos de novo e de novo? Página do formulário rsync man:
-I, --ignore-times Normally rsync will skip any files that are already the same size and have the same modification timestamp. This option turns off this "quick check" behavior, causing all files to be updated.
e um é definido com alguns outros switches junto com t :
-a, --archive archive mode; equals -rlptgoD (no -H,-A,-X) -t, --times preserve modification times
Então, até onde eu entendo, você está copiando arquivos e você lhes dá o timestamp atual (atual quanto ao tempo de backup) e na próxima vez que você executar o backup, o rsync assume que o arquivo é diferente. Eu aconselharia o uso de -a como também define permissões e propriedade de arquivos.
Quanto à segunda questão, consideraria usar o parâmetro - exclude = PATTERN .