Atualização : o Unity 2D agora tem espaços de trabalho, veja isto Omg! Ubuntu! poste para mais informações.
Você pode defini-las conforme descrito nesta resposta.
Do anúncio do Unity 2D postagem no blog :
Em seu estado atual, muitos dos recursos do Unity da Maverick já foram implementados (traço, locais, lançador, painel) e outros (uTouch, alternador de espaço de trabalho , efeito de acordeão, etc) estarão aterrissando nos próximos meses.
(ênfase minha).
O Unity 2D ainda não suporta espaços de trabalho, mas será no futuro próximo.