No seu caso, o diretório mais recente é aquele cujo nome vem por último em ordem lexicográfica. Portanto, é o último elemento na expansão de *
ou qualquer outro padrão que corresponda aos nomes dos diretórios.
sync_latest_dir () {
eval "last=\${$#}"
rsync -a "$last" remote-host:/some/where/
}
sync_latest_dir [0-9][0-9][0-9][0-9][0-9][0-9]-*