Eu tive o mesmo problema há algum tempo, corrigi-lo instalando as extensões ausentes, ou seja,
$ sudo apt-get install php5-gd php5-mcrypt
Se for desnecessário, você pode tentar descobrir quais arquivos estão carregando as extensões ausentes, por exemplo (na minha máquina)
$ grep -Hr "extension=" /etc/php5
/etc/php5/mods-available/opcache.ini:zend_extension=opcache.so
/etc/php5/mods-available/json.ini:extension=json.so
/etc/php5/mods-available/mcrypt.ini:extension=mcrypt.so
...
e comente as linhas nos arquivos dando um erro.
Editar Também é possível que os caminhos especificados estejam incorretos, talvez você possa corrigi-los.