Descoberto - ou melhor, redescoberto - a resposta ...
O problema é que o Unix acredita que o host é a entidade de rede, e não a porta, que causa todos os tipos de problemas de arp em servidores multi-homed. Então, basicamente, eu precisava limitar as respostas arp em uma interface para os endereços IP associados a essa interface, caso contrário, o Unix responderia em QUALQUER interface, independentemente do IP - o que realmente confunde os outros dispositivos da sub-rede.
Então ... Arptables instalados
sudo apt-get -y install arptables
Limitou as respostas em cada interface para os IPs na interface
sudo arptables -n -v --line-numbers -L
Chain INPUT (policy DROP 6011K packets, 168M bytes)
1 -j ACCEPT -i eno1 -o * -d x.x.x.x , pcnt=2496 -- bcnt=69888
2 -j ACCEPT -i eno1 -o * -d 172.16.0.100 , pcnt=294 -- bcnt=8232
3 -j ACCEPT -i eno2 -o * -d 172.16.0.101 , pcnt=294 -- bcnt=8232
Chain OUTPUT (policy DROP 0 packets, 0 bytes)
1 -j ACCEPT -i * -o eno1 -s x.x.x.x , pcnt=2503 -- bcnt=70084
2 -j ACCEPT -i * -o eno1 -s 172.16.0.100 , pcnt=295 -- bcnt=8260
3 -j ACCEPT -i * -o eno2 -s 172.16.0.101 , pcnt=294 -- bcnt=8232
Chain FORWARD (policy ACCEPT 0 packets, 0 bytes)
E voila, todos os IPs estão respondendo em suas portas corretas.
Homem! Espero não me esquecer disso novamente!