Você não pode instalar duas versões do mesmo pacote através do gerenciador de pacotes. (É assim que o APT funciona - existem outros gerenciadores de pacotes que funcionam de maneira diferente.) Se você tentar instalar uma segunda versão, ela substituirá a antiga.
É possível instalar várias versões de alguns programas com o APT. Isso é feito adicionando a versão do programa no nome do pacote. É tipicamente feito para bibliotecas, porque você pode ter vários programas instalados usando diferentes versões da mesma biblioteca. Isso está realmente acontecendo com o VirtualBox: você está tentando instalar virtualbox-5.1 com virtualbox-5.0 já instalado. Em termos de nomes de pacotes, isso é possível. No entanto, esses pacotes não podem ser instalados juntos; os metadados do pacote contêm informações de conflito que informam ao gerenciador de pacotes para não instalá-los juntos. Mesmo que os metadados do pacote não tenham declarado um conflito, os dois pacotes não puderam ser instalados juntos, porque eles fornecem arquivos com o mesmo nome. Eu não sei porque o VirtualBox vem em pacotes cujo nome contém a versão do software.
Se você deseja instalar várias versões do VirtualBox, terá que instalá-las a partir de uma distribuição binária ou da origem, sem usar o gerenciador de pacotes. Em outras palavras, não obtenha um arquivo deb (exceto talvez para uma das versões).