O problema vem da linha do intérprete em autom4te
:
#! /home/user/Workspace/output/xx_yyyyyyy_pp88_tttttt_uuuuuuu_aaa_bbbbbbb/host/usr/bin/perl -w
Parece que o caminho é muito longo.
Isso explica a saída do erro:
bash: ./autom4te :/home/user/workspace/output: bad interpreter: No such file or directory
Ele pára em output
e não consegue ler o caminho completo do interpretador.
Alterando o caminho do interpretador (caminho curto):
#! /home/user/Workspace/output/xxx/host/usr/bin/perl -w
O problema está resolvido.